Valorisation de la biodiversité microbienne marine de Polynésie française : Purification et identification des souches avec activités antibactériennes.

Lieu de stage : Tahiti – UMR 241 EIO Université de la Polynésie française

Période de stage : 5 mois à partir de janvier 2024

Contexte scientifique :

Les antibiotiques identifiés et utilisés par les industries pharmaceutiques sont majoritairement des métabolites secondaires d’origine bactérienne. L’étude du métabolome (ensemble des métabolites secondaires) de bactéries encore peu décrites offre ainsi la possibilité de découvrir de nouvelles molécules antibactériennes. La Polynésie française est une région avec un fort potentiel de nouvelles découvertes, puisque peu d’études se sont intéressées au compartiment bactérien dans ce point chaud de biodiversité. L’entreprise Pacific Biotech possède une collection de plus de 2000 bactéries, qui offre un fort potentiel de valorisation par l’étude des activités antibactériennes et la description métabolomique et génomique des différentes souches.

Objectifs du stage :

Le but de ce stage, en lien avec le projet VALMI, est la recherche de souches de bactéries avec une activité antibactérienne.
Des tests biologiques permettront d’évaluer l’activité biologique des différentes souches afin de sélectionner celles à fort potentiel biologique. Une extraction chimique à l’aide de solvant organique permettra l’extraction des métabolites secondaires, la structure des interactions sera étudiée afin de décrire la diversité de gammes d’activités antibactériennes et de cibler les bactéries avec une activité antibactérienne à large spectre. Les extraits possédant les meilleures activités biologiques seront fractionnés à l’aide diverses techniques chromatographiques (phase normale et/ou phase inverse) afin d’identifier de manière résolutive les métabolites secondaires responsables de cette activité, un suivi biologique sera effectué. Une purification finale par chromatographie liquide semi-préparative s’effectuera sur les fractions actives afin d’isoler les molécules pour une identification structurale par des techniques spectroscopiques et spectrométriques.

Missions :

• Identifier les souches de bactéries à fort potentiel biologique : 1- Cultiver les souches en batch dans des erlenmeyers. 2- Séparer le culot bactérien du surnageant.
• Extractions aux solvants des métabolites secondaires totaux sur les deux parties (biomasse et surnageant).
• Effectuer des tests biologiques antibactériennes.
• Fractionner et isoler les molécules d’intérêts (Chromatographie flash, HPLC semi-préparative).

Connaissances requises :

Étudiant de M2. Formation en chimie analytique, microbiologie ou sciences pharmaceutiques.

Contact :

Ramaina Ho : raimana.ho@upf.pf

Xavier Moppert: xmoppert@pacific-biotech.pf

Camille Clerissi : camille.clerissi@ephe.sorbonne.fr